La filosofia dietro a questo modo di coltivare le piante e allevare gli animali è legata all'intenzione di offrire prodotti senza residui di fitofarmaci o concimi chimici di sintesi, ma anche di non di non inquinare acque, terreni e aria.

L’agricoltura biologica è un’attività che propone e ricerca il bene comune a partire da quello del suolo, della fauna, dell’aria, dell’acqua, della salute degli uomini. Vale la pena ritentare una rapida presentazione di tale pratica agricola,dei suoi scopi, dei suoi obbiettivi, dei metodi e delle strategie attraverso i quali si cerca di raggiungere i predetti scopi.

Nella pratica biologica sono centrali soprattutto gli aspetti agronomici: la fertilità del terreno viene salvaguardata mediante l'utilizzo di fertilizzanti organici, le rotazioni colturali e le lavorazioni attente al miglioramento della struttura del suolo e della percentuale di sostanza organica; la lotta alle avversità delle piante è consentita solamente con preparati vegetali, minerali e animali che non siano di sintesi chimica (tranne alcuni prodotti considerati "tradizionali") e privilegiando la lotta biologica, tranne nei casi di lotta obbligatoria in cui devono essere usati i più efficaci principi attivi disponibili.

Gli animali vengono allevati con tecniche che rispettano il loro benessere e nutriti con prodotti vegetali ottenuti secondo i principi dell'agricoltura biologica. Sono evitate tecniche di forzatura della crescita e sono proibiti alcuni metodi industriali di gestione dell'allevamento, mentre per la cure delle eventuali malattie si utilizzano rimedi omeopatici e fitoterapici limitando i medicinali allopatici ai casi previsti dai regolamenti.

L'agricoltura biologica in Europa è regolamentata da due normative comunitarie: Reg. (CEE) n° 2092/91 (e successive modifiche e integrazioni) e Reg. (CE) n° 1804/99

Il primo è il documento più importante per quanto riguarda la storia di questo tipo di agricoltura, quello che ha regolamentato per la prima volta la produzione riconoscendola ufficialmente. È relativo al metodo di produzione biologico di prodotti agricoli e all'indicazione di tale metodo sui prodotti agricoli e sulle derrate alimentari. Il regolamento del 1999 è una sorta di "integrazione" al primo per quanto riguarda nello specifico le produzioni animali.

Nel giugno del 2007 è stato adottato un nuovo regolamento CE per l'agricoltura biologica, Reg. (CE) n° 834/2007, che abroga il Reg. (CEE) n° 2092/91 ed è relativo alla produzione biologica e all'etichettatura dei prodotti biologici sia di origine vegetale che animale (compresa l'acquacoltura).

Per quanto concerne la qualità degli alimenti, il regolamento comunitario vieta espressamente di pubblicizzare come di qualità superiore i prodotti biologici.. Gli alimenti biologici sono comunque gli unici dimostratisi del tutto esenti da contaminazioni da fitofarmaci nelle analisi condotte da Legambiente nell'ambito dello studio <<Pesticidi nel piatto 2007>>. Inoltre uno studio del 2005 ha dimostrato che le tracce di agrofarmaci contenuti nelle urine dei bambini scompaiono dopo pochi giorni di alimentazione biologica...

Dopo anni di dubbi e incertezze, le ricerche più recenti concordano nel dire che gli alimenti biologici contengono più antiossidanti e più nutrienti: ad esempio, gli scienziati dell'Università di Davis, California, in uno studio pubblicato nel giugno 2007, hanno misurato la concentrazione di flavonoidi in pomodori bio e non, raccolti fra il 1994 e il 2004 in uno studio ultradecennale che, con un rigore mai raggiunto in precedenza, mette a confronto decine di sistemi di coltivazione diversi in ambiente controllato. Grazie alla accuratezza dei metodi impiegati, si è riscontrato che mediamente i pomodori bio avevano il 97% in più di canferolo, il 79% in più di quercetina e il 31% in più di naringina, e si è inoltre dimostrato che il suolo coltivato con metodi biologici migliora nel tempo, dando frutti sempre migliori.

Altri studi pubblicati nel marzo 2007 mostrano che pesche, mele e kiwi biologici hanno consistenza maggiore, e contengono una maggiore quantità di sostanze nutritive e antiossidanti quali zuccheri naturali, vitamina C, beta-carotene e polifenoli, concordando con ricerche precedenti, come quella dell'Istituto nazionale di ricerca per gli alimenti e la nutrizione, che nel 2002 ha dimostrato la superiorità nutritiva di pesche, pere, susine e arance biologiche. I pomodori studiati a Davis suggeriscono che la qualità del terreno sia un fattore chiave, ma non sembra essere il solo: per esempio la polpa dei frutti bio contiene meno acqua, e è quindi più ricca di nutrienti; inoltre le varietà scelte per la coltivazione biologiche sono spesso più pregiate. Infine si ipotizza che le piante bio siano meno «pigre» dei quelle coltivate con fitofarmaci, perché costrette a produrre da sole molte più sostanze protettive. Questi vantaggi legati al consumo dei prodotti biologici aumentano laddove vengono acquistati nel circuito agricolo locale.